哈巴湖保护区内已知各种陆生野生动物共25目51科149种(包括亚种)。有国家一级保护鸟类2种,国家二级保护鸟类16种,国家二级保护兽类3种。有昆虫纲的昆虫140科,436种,蜘蛛纲的蜘蛛7科13种,蟥类5科17种。 如动物荒漠猫、鹅猴羚,黑鹳(国家一级保护动物)等在西北地区分布已很少,还有许多国家二级保护动物,如斑嘴鹈鹕、白琶鹭,白额雁、天鹅、大鸨,鸳鸯,草原雕,猎隼,衰羽鹤,兔狲等,所有这些占全区分布的国家重点保护动物(51种)的41%。各类植物507种,分属76科,76属。野生植物54科173属,323种,栽培植物46科184种有国家重点保护植物沙冬青1种,药用和经济价值较高的植物有麻黄,甘草、苦豆子等。 哈巴湖自然保护区是干旱、荒漠地区少有的,具有代表性的自然综合体和比较完整的自然生态系统,具有重要的教学和科研价值。同时保护区内文物古迹众多,山川沙海兼有,具有很高的旅游开发价值。旅游区内数万亩林木郁郁葱葱,排列整齐,千亩芨芨林随风婆娑起舞,煞是迷人。大小湖泊点缀其间,湿地纵横,经年不尽,是消夏避暑、休闲度假的绝好去处。